1925 wurde von Ferdinand Huneke entdeckt, dass die Injektion eines örtlich betäubend wirkenden Mittels nicht nur ein begrenztes Gewebegebiet vorübergehend schmerzunempfindlich macht, sondern Schmerzen sogar anhaltend gelindert werden können. Während seiner Studien beobachteten er und sein Bruder, dass die schmerzlindernde Wirkung des Mittels nicht wie erwartet über den Blutweg, sondern über das viel schneller leitende vegetative Nervensystem erfolgte. Deswegen setzte die Wirkung in einigen Fällen schon innerhalb weniger Sekunden ein. Dies wird in der Neuraltherapie als „Sekundenphänomen“ bezeichnet.  

In der Neuraltherapie geht man davon aus, dass örtlich begrenzte Reizzustände, sogenannte Störfelder, Nervenbahnen so reizen können, dass sie auch in entfernten Körperregionen chronische Beschwerden auslösen und in Gang halten können.

Dabei kann jede krankhaft veränderte Stelle des Körpers und jedes krankhaft veränderte Organ zum Störfeld werden. Durch die von diesem Störfeld ausgelöste permanente Reizung entsteht für den Körper ein Dauerstress, der seine eigenen Regulationsmechanismen stört und zu einer „Regulationsstarre“ führt. Die Neuraltherapie unterbricht diese Starre mit Hilfe des injizierten Lokalanästhetikums und der auslösende Herd erhält so wieder Anschluss an das gesamtkörperliche Geschehen.

Zwischen der Entstehung eines Störfelds und der Entstehung dadurch bedingter Beschwerden können Jahre vergehen, was eine besonders genaue Befunderhebung nötig macht. Die Neuraltherapie kann sowohl therapeutisch zur Behandlung als auch diagnostisch zur Störfeldsuche eingesetzt werden. Häufige Störfelder finden sich z. B. an Narbenverläufen, im Zahn- und Kieferbereich oder an den Mandeln.